Ninjutsu'nun tarihi tam olarak bilinmemektedir. Dilden dile değişik tarihler söylenmiştir. Ninjutsu'nun tarihi de adı gibi gizli kalmıştır. bilinen tarih 800 yıldan uzun bir süreden gelen kitaplardır. Onlardan sonra gelen nesil o kitaplardan ve resimlerden esinlenerek ninja teknikleri geliştirmişlerdir ve nesilden nesile gelen bazı hocalardan faydalanılmıştır.

Ninjutsu'nun ilk çalışılan Ryu'ları; "İga" ve "Koga" ryularıdır. "İga ve Koga ninjalar" için ninjutsu bir yaşam felsefesi, hayatlarının her döneminde kullandıkları bir anahtar oldu.

İhtiyaç ve zorunluluk doğrultusunda savaşın, yaşamın, hayatta kalma mücadelesinin bir yolu haline geldi.

Medeniyetin gelişimi, yerleşik düzeni ve toplumsal hayat olgunluğa ittikçe savaşan vücutlar artık üreten ve sanat icra eden sanatçılara dönüştü.  

Bu savaşçılar yerleştikleri ve faaliyet gösterdikleri bölgelere göre "İga" ve "Koga" ninjalar diye iki kısma ayrılmışlardır.

Koga Ninjalar; Ninja felsefesinden koptular ve zaman zaman güçlerini menfaatleri doğrultusunda kullandılar.

Koga Ninjalarından geriye sadece yazılı birkaç doküman ve kitap kaldı. Günümüzde koga silsilesinden gelen bir üstad yoktur.

Bunu iddia edenler atalarından kalma bu kitap ve dökümanlardan etkilenerek faaliyet göstermektedirler.

 İga ninjaları ise; nesilden nesile devam edecek bir sistem oluşturarak güçlerini yalnızca zulme ve haksızlığa karşı kullandılar. Böylece onurun ve adaletin timsali oldular.

Çeşitli sanatların öğretilmeye başlandığı 20.yüzyılın ortalarında japon kültür bakanlığı; kültür medeniyetlerinin kaybolmasını önlemek için geçmişle bağlantısı olan tüm sanat sahiplerine (Dans, müzik, edebiyat, savaş sanatları vb.) bir çağrıda bulundu.

Tanaka Sensei de bu çağrı üzerine geçmişe ait tüm belgelerle kültür bakanlığına başvurdu ve bu niteliklere sahip olduğunu evrak ve dökümanlarıyla kanıtladı. Ardından kurduğu okulunda insanlara öğretmeye başladı.

Yetiştirdiği öğrencileri arasında 9 usta vardır. Bunlardan 7si japon, biri italyan, biri de amerikandır. Bu ustalar kendi ekollerini oluşturdular. Bunların içerisinde halen faal olanlar ise Masaaki Hatsumi, Harunaka Hashino, Tanamura, Frank Duke ve Jusseppe Morabito'dur. İga silsilesinden gelen tek ninja olan sensei; 1993 yılında öldü. Öğrencileri ondan aldıkları bilgi ve birikimleriyle kendi ekollerini oluşturdular.

Günümüzde Ninjutsu ana 2 ekol halinde yaşamaktadır. Masaaki Hatsumi'nin Sert,keskin teknikleri ve Tanamura'nın mistik öğretisi... 

Şahin Spor Kulübü'nde  Masaaki Hatsumi Ekolü'nün En etkili Ninjutsu Teknikleri halen öğretilmektedir.